航空貨運物流在快速發展的同時，也面臨著一些存在的問題：
1. 資源配置不均衡：航空貨運物流資源在整個行業內分布不均衡，部分地區運力過剩，而另一些地區則運力不足。這導致部分航線競爭激烈，服務質量下降，而另一些航線則供不應求，影響貨物運輸的效率。
2. 信息化程度不高：雖然航空貨運物流行業已經取得了一定的信息化成果，但仍有很多企業信息化程度不夠，導致信息傳遞不暢，無法實現實時監控和調度。這會增加貨物運輸的風險，降低運輸效率。
3. 航空貨運代理水平參差不齊：在我國，航空貨運代理企業眾多，但服務水平參差不齊。部分代理企業缺乏專業知識和經驗，無法為客戶提供優質的服務，甚至可能造成貨物損失。
4. 貨物運輸安全問題：航空貨運物流過程中，貨物的安全問題不容忽視。如何確保貨物在運輸過程中的安全，避免貨物丟失、損壞等情況發生，是航空貨運物流行業需要關注的重要問題。
5. 成本較高：航空貨運物流相對于其他運輸方式，成本較高。這可能會導致部分企業無法承擔航空貨運的費用，從而限制了航空貨運物流市場的進一步拓展。
6. 環境污染問題：航空貨運物流會產生大量的碳排放，對環境造成一定影響。如何在保證航空貨運物流快速發展的同時，減少環境污染，是行業需要關注的問題。
7. 航班延誤問題：受天氣、空域管制等因素影響，航班延誤現象時有發生。這會給航空貨運物流帶來一定的風險，影響貨物的運輸時效。
8. 專業人才短缺：航空貨運物流行業對專業人才的需求較大，但目前我國相關專業人才供應不足，這可能會制約航空貨運物流行業的發展。

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